Jan Nepomucen (ur. ok. 1350 w Pomuku, obecnie Nepomuk, zm. 20 marca 1393 w Pradze) – prezbiter, spowiednik Zofii Bawarskiej, męczennik i święty Kościoła katolickiego.
Około 1380 przyjął święcenia kapłańskie i został kanonikiem przy katedrze św. Wita, Wacława i Wojciecha w Hradczanach. Studiował prawo kanoniczne w Pradze i Padwie. Następnie piastował godność kanonika kolegiaty praskiej św. Idziego, a w 1389 mianowany został wikariuszem generalnym arcybiskupa praskiego Jana z Jenštejnu. W związku z zatargiem między królem Czech Wacławem IV a arcybiskupem, Jan Nepomucen popadł w niełaskę władcy ponieważ nie chciał zdradzić królowi tajemnicy spowiedzi jego małżonki. Według innej wersji, powodem niełaski było niezgodne z wolą króla zatwierdzenie opata dla klasztoru w Kladrubach. W 1393 Jan Nepomucen został uwięziony. Następnie zrzucono go z mostu Karola do rzeki Wełtawy. Ta scena jest przedstawiona na przykład na płaskorzeźbie umieszczonej na ołtarzu Jana Nepomucena w bazylice św. Mikołaja z Miry w Bochni oraz przydrożnej figurze w Aleksandrowicach. Jego zwłoki złożono w katedrze na Hradczanach.
Według tradycji po otwarciu krypty świętego przed kanonizacją w 1719 okazało się, że jego zwłoki mają nienaruszony język. Według innej wersji, Jan Nepomucen po odmówieniu ujawnienia tajemnicy spowiedzi Zofii Bawarskiej królowi czeskiemu Wacławowi IV (król podejrzewał żonę o niewierność), został poddany torturom i w konsekwencji wrzucony do Wełtawy.
Kult św.Jana Nepomucena rozwijali głównie jezuici, rozprzestrzenił się on na ościenne kraje, trafił między innymi do Polski, Austrii i Niemiec.
Jan Nepomucen został beatyfikowany w 1721 roku przez Innocentego XIII, a kanonizowany 19 marca 1729 przez Benedykta XIII. Już wcześniej uchodził za nieformalnego patrona Czech, a jego kult rozprzestrzenił się na sąsiednie ziemie, zwłaszcza Śląsk.
Jego wspomnienie liturgiczne w Kościele katolickim obchodzone jest 21 maja.